（1）对于轻度与极轻度的不孕症的患者：由于对于本身输卵管的破坏或分泌的前列腺素并不多，自然的受孕率与正常人相当，所以对于轻度，极轻度子宫内膜异位症的患者我们建议使用保守观察治疗，也就是说不给子宫内膜异位症患者药物或外科治疗。对于已有不孕症的患者则给予适当的刺激排卵，如此有助于受孕，但对于排卵药效果不好的患者，可把较轻微患者的受孕率由原先的30％，我们可以增加促性素针剂的给予〜50％，可提升至60％〜70％。
（2）对于中等程度以上的子宫内膜异位症患者：我们治疗原则是先做腹腔镜的手术治疗，同时评估卵巢与输卵管的情况，作为以后不孕症治疗的基础，若一旦有子宫内膜异位瘤形成（俗称巧克力囊肿），最好的治疗方法就是先将子宫内膜异位瘤清除干净，对于子宫后穹隆，卵巢，腹腔上的子宫腹膜异位症的病兆也应用腹腔镜将这些病灶移除，若患者有明显的痛经现象则同时做骨前神经的截断，之后，我们按照治疗的结果及病情的严重度考虑是否先给三个月的内科疗法，若是希望怀孕的患者，基本上我们不考虑使用疗得膏（类男性素）治疗而是采用人类促性激素协同剂，治疗三个月后，给予排卵针剂的使用，若是输卵管通畅，使用自然同房方式尝试怀孕，对于输卵管本身已受到相当的破坏或完全阻塞的患者，我们则马上使用试管婴儿的治疗。
（3）极严重度的子宫内膜异位症患者的治疗：对于极严重度的子宫内膜异位症患者的治疗，原则上我们是以腹腔镜处理之前，先做好大肠直肠的清洗准备，因为这些极严重的子宫内膜异位症常常有病灶侵入至大肠或是直肠，手术中有时须切除部份肠子再接通，如此病灶才能完全移，所以术前应与患者及家属做一沟通及心理建设才行。术后我们给与六个月的内科疗法，六个月之后再内诊，抽血及超音波检查，以判定子宫内膜异位症是否完全康复或仍须做腹腔镜评估治疗。想要怀孕的妇女我们先给予六个月的促性激素协同剂的内科治疗之后，再依子宫及输卵管的情况来考量，对于输卵管已完全破坏者则使用试管婴儿人工生殖科技来受孕，对于输卵管仍通畅者仍持用自然同房的方式受孕。